蛹虫草为一药食两用真菌，属子囊菌门。此类真菌基因体中有两组特化性别基因座 (locus)，分别为 MAT1-1 和 MAT1-2 两种。若单一蛹虫草菌丝体同时拥有两组特化性别基因座，称为雌雄同丝型(homothallism)，可以在单一个体上进行无性生殖，直接由菌丝体发展为子实体；但若单一蛹虫草菌丝体只拥有其中一组性别基因座，则称为雌雄异丝型(heterothallism)，需藉由不同个体间之有性生殖才能由菌丝体发展为子实体。
自然界中的蛹虫草为多数为雌雄异丝型，但极少数在人工培养过程中发现雌雄同丝型的存在。在蛹虫草染色体中的两组性别基因型分别含有不同的基因，MAT1-1基因型含有MAT1-1-1 及MAT1-1-2 两个基因，MAT1-2则只带有MAT1-2-1一种基因。其中MAT1-1-1 及MAT1-2-1这两个基因可调控许多与子实体发育相关基因，包含费洛蒙基因和光感应基因等，因此对于蛹虫草进行无性生殖或有性生殖的繁衍途径有绝对影响力。
蛹虫草的生活史中，在营养缺乏的环境下，无性世代会藉由产生分生孢子，随风力水力散布，找寻适合的宿主。而有性世代则是在子实体中发育出子囊壳，内含大量子囊孢子，等待时机成熟时喷射孢子将下一代向外散布，蛹虫草的分生孢子及子囊孢子只要其染色体含有完整性别基因座，皆可由单一孢子生成菌丝体后顺利发育成子实体。
因此，将分生孢子或子囊胞子分离单一性别后，藉由聚合酶连锁反应(PCR) 侦测蛹虫草中性别基因座中基因来辨识蛹虫草性别，经确认后，培养单一孢子生成大量菌丝，并萃取其mRNA后，以即时聚合酶连锁反应(real-time PCR) 对其各种基因表现进行定量，包含子实体生长相关及调控各种具保健功效如虫草素、虫草酸、虫草多糖、GABA等机能性成分基因，即时聚合酶连锁反应试验可以对单一孢子进行综合能力分析，做为下一步交配的依据。经由分析资料，从中挑选出我们需要的特性进行交配，再从其后代中筛选出同时带有亲代优点的子代，成为有潜力的新菌种。
蛹虫草为一药食两用真菌，属子囊菌门。此类真菌基因体中有两组特化性别基因座 (locus)，分别为 MAT1-1 和 MAT1-2 两种。若单一蛹虫草菌丝体同时拥有两组特化性别基因座，称为雌雄同丝型(homothallism)，可以在单一个体上进行无性生殖，直接由菌丝体发展为子实体；但若单一蛹虫草菌丝体只拥有其中一组性别基因座，则称为雌雄异丝型(heterothallism)，需藉由不同个体间之有性生殖才能由菌丝体发展为子实体。
自然界中的蛹虫草为多数为雌雄异丝型，但极少数在人工培养过程中发现雌雄同丝型的存在。在蛹虫草染色体中的两组性别基因型分别含有不同的基因，MAT1-1基因型含有MAT1-1-1 及MAT1-1-2 两个基因，MAT1-2则只带有MAT1-2-1一种基因。其中MAT1-1-1 及MAT1-2-1这两个基因可调控许多与子实体发育相关基因，包含费洛蒙基因和光感应基因等，因此对于蛹虫草进行无性生殖或有性生殖的繁衍途径有绝对影响力。
蛹虫草的生活史中，在营养缺乏的环境下，无性世代会藉由产生分生孢子，随风力水力散布，找寻适合的宿主。而有性世代则是在子实体中发育出子囊壳，内含大量子囊孢子，等待时机成熟时喷射孢子将下一代向外散布，蛹虫草的分生孢子及子囊孢子只要其染色体含有完整性别基因座，皆可由单一孢子生成菌丝体后顺利发育成子实体。
因此，将分生孢子或子囊胞子分离单一性别后，藉由聚合酶连锁反应(PCR) 侦测蛹虫草中性别基因座中基因来辨识蛹虫草性别，经确认后，培养单一孢子生成大量菌丝，并萃取其mRNA后，以即时聚合酶连锁反应(real-time PCR) 对其各种基因表现进行定量，包含子实体生长相关及调控各种具保健功效如虫草素、虫草酸、虫草多糖、GABA等机能性成分基因，即时聚合酶连锁反应试验可以对单一孢子进行综合能力分析，做为下一步交配的依据。经由分析资料，从中挑选出我们需要的特性进行交配，再从其后代中筛选出同时带有亲代优点的子代，成为有潜力的新菌种。